Genetic variability and population structure of Nunkiní criollo cattle in Campeche, Mexico
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Keywords

Creole cattle
effective population size
locally adapted breed
SNP

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Abstract

Criollo cattle are a type of animal that originated from cattle brought by Iberian colonists to the Americas and, over centuries, adapted to diverse, sometimes harsh, environmental conditions. The Nunkiní criollo cattle are a small population of animals that still subsist in precarious nutritional and sanitary conditions in a closed community of Campeche, Mexico. Has been characterized by its reproductive ability and adaptation to tropical conditions, and is considered a potentially dual-purpose (i.e., dairy and meat) cattle breed. The aim of the present study is to assess variability and structure of current population of Nunkiní criollo cattle. Methods: Information of a large SNP array was used to infer genetic diversity and population structure. Results: Large variability and low inbreeding were estimated in nine sample ranches of these animals. Conclusions: Slight divergent population structure suggesting recent introgression and admixture with zebu breeds. Some implications for the design of a genetic rescue and use scheme to promote its multiplication and guarantee its conservation are discussed.

https://doi.org/10.15741/revbio.13.e2028
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References

Aguirre Riofrio, L., Apolo, G., Chalco, L., & Martínez, A. (2014). Caracterización genética de la población bovina criolla de la Región Sur del Ecuador y su relación genética con otras razas bovinas. Animal Genetic Resources, 54, 93-101. https://doi.org/10.1017/S2078633613000313

Barbato, M., Orozco-terWengel, P., Tapio, M., & Bruford, M. W. (2015). SNeP: a tool to estimate trends in recent effective population size trajectories using genome-wide SNP data. Frontiers in genetics, 6, 109. https://doi.org/10.3389/fgene.2015.00109

Benavente, M., Santana, R., & Delgado, J. (2017). Gestión de la consanguinidad en la raza bovina palmera. AICA, 10: 78-82. https://avapal.com/wp-content/uploads/2018/04/AICA2017GUAT_Trabajo014.pdf

Boc, A., Diallo, A. B., & Makarenkov, V. (2012). T-REX: a web server for inferring, validating and visualizing phylogenetic trees and networks. Nucleic Acids Research, 40(W1), W573-W579. https://doi.org/https://doi.org/10.1093/nar/gks485

Canales, A. (2014). Caracterización genética y morfológica de vacas de la raza Criollo-Lechero Tropical. Universidad Veracruzana, 1-105. https://cdigital.uv.mx/handle/123456789/39985

Cañas–Álvarez, J. J., Ossa-Saraz, G. A., Garcés-Blanquiceth, J. L., & Burgos–Paz, W. O. (2023). Genealogical structure of the Colombian Romosinuano Creole cattle. Tropical Animal Health and Production, 55(5), 292. https://doi.org/10.1007/s11250-023-03694-1

Chang, C. C., Chow, C. C., Tellier, L. C., Vattikuti, S., Purcell, S. M., & Lee, J. J. (2015). Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets. Gigascience, 4(1), s13742-015. https://doi.org/10.1186/s13742-015-0047-8

Cruz Clemente, G. d. J., Estrada-León, R. J., Sierra Vázquez, A. C., Severino-Lendechy, V. H., Piñeiro Vázquez, A. T., & Bojórquez Cat, J. C. (2024). El bovino criollo de Nunkiní, Campeche, México un recurso zoogenético en riesgo. Agronomía Mesoamericana, 35(1), 54368. https://doi.org/https://doi.org/10.15517/am.2024.54368

Domestic Animal Diversity Information System [DAD-IS-FAO]. (2024, December 05). Domestic Animal Diversity Information System, Food and Agriculture Organization of the United Nations. https://www.fao.org/dad-is/en

De Alba, J. (2011). El libro de los bovinos criollos de América. México, DF. Editorial Biblioteca Básica Agricultura (BBA)

de Jong, M. J., de Jong, J. F., Hoelzel, A. R., & Janke, A. (2021). SambaR: An R package for fast, easy and reproducible population‐genetic analyses of biallelic SNP data sets. Molecular Ecology Resources, 21(4), 1369-1379. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13339

Decker, J. E., McKay, S. D., Rolf, M. M., Kim, J., Molina Alcalá, A., Sonstegard, T. S., Olivier Hanotte, O., Götherström, A., Seabury, C. M., Praharani, L., Babar, M. E., Regitano, L. C. de A., Mehmet Ali Yildiz, M. A., Michael P. Heaton, M. P., Wan-Sheng Liu, W.-S., Lei, C.-Z., James M. Reecy, J. M., Saif-Ur-Rehman, M., Schnabel, R. D. & Taylor, J.F. (2014). Worldwide patterns of ancestry, divergence, and admixture in domesticated cattle. PLoS Genetics, 10(3), e1004254. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1004254

Espinoza Villavicencio, J. L., Guevara Franco, J. A., & Palacios Espinosa, A. (2009). Caracterización morfométrica y faneróptica del bovino criollo Chinampo de México. Archivos de zootecnia, 58(222), 277-279. https://pdfs.semanticscholar.org/400b/a817be9e6bd60c7b11c8e31d4334a1266cac.pdf

Food and Agriculture Organization of the United Nation [FAO]. (2007). Plan de Acción Mundial sobre los Recursos Zoogenéticos y la Declaración de Interlaken. Rome, Italy. https://openknowledge.fao.org/bitstreams/a497f571-bf99-4985-a526-a6d44f52da36/download

Flores García, A., & Gómez Guzmán, E. (2014). La ganadería familiar, elemento cotidiano de los traspatios de la comunidad Juan Nepomuceno Álvarez, Copala, Guerrero, México. Sitientibus série Ciências Biológicas, 14. https://doi.org/https://doi.org/10.13102/scb282

Frichot, E., & François, O. (2015). LEA: An R package for landscape and ecological association studies. Methods in ecology and evolution, 6(8), 925-929. https://doi.org/https://doi.org/10.1111/2041-210X.12382

Garcés, M. I. V., Sánchez, A. R., Burgos, J. C. V., & Benítez, D. (2018). Caracterización genética e indicadores sanguíneos de la raza bovina criolla Macabea en la Amazonía ecuatoriana. Revista Amazónica Ciencia y Tecnología, 7(1), 1-11. https://doi.org/10.59410/RACYT-v07n01ep01-0090

Ginja, C., Gama, L. T., Cortés, O., Burriel, I. M., Vega-Pla, J. L., Penedo, C., Sponenberg, P., Cañon, J., Sanz, A., do Egito, A. A. A., Alvarez, L. A., Giovambattista, G., Agha, S., Rogberg-Muñoz, A., Cassiano, L. M. A., BioBovis Consortium, Delgado, J. V. & Martinez, A. (2019). The genetic ancestry of American Creole cattle inferred from uniparental and autosomal genetic markers. Scientific Reports, 9(1), 11486. https://doi.org/https://doi.org/10.1038/s41598-019-47636-0

Guerrero-García, A. (2016). Guía práctica para la colecta de muestras sanguíneas y vías de administración de medicamentos en bovinos. Universidad Cooperativa de Colombia, Facultad de Ciencias de la Salud, Medicina Veterinaría y Zootecnia, Bucaramanga. https://doi.org/10.16925/greylit.2096

Hartl, D., & Clark, A. (2007). Principles of population genetics. 4th ed. Sinauer Associates. Inc.

Hodges, J. (1992). The management of global animal genetic resources. Proceedings of an FAO Expert Consultation, FAO Animal Production and Health Paper 104. https://www.fao.org/4/t0665e/T0665E00.htm#TOC

Instituto Nacional de Estadística y Geografía (INEGI), 2021. Aspectos Geográficos Campeche 2021. https://www.inegi.org.mx/contenidos/app/areasgeograficas/resumen/resumen_04.pdf

Letunic, I., & Bork, P. (2024). Interactive Tree of Life (iTOL) v6: recent updates to the phylogenetic tree display and annotation tool. Nucleic Acids Research, 52(W1), W78-W82. https://doi.org/https://doi.org/10.1093/nar/gkae268

López-Caraveo, E., Estrada-León, R., Severino Lendechy, V., Bojórquez-Cat, J., & Sierra-Vásquez, A. (2023). Caracterización etnológica de vacas criollas en el Estado de Campeche, México. Archivos de Zootecnia, 72(279), 184-192. https://doi.org/10.21071/az.v72i279.5732

Martínez-Rocha, R. E., Ramírez-Valverde, R., Núñez-Domínguez, R., García-Muñiz, J. G., & Parra-Bracamonte, G. M. (2021). Comportamiento de crecimiento y reproductivo en hembras bovinas Romosinuano. Revista MVZ Córdoba, 26(1), e2033-e2033. https://doi.org/10.21897/rmvz.2033

Martinez, R., Bejarano, D., Ramírez, J., Ocampo, R., Polanco, N., Perez, J. E., Onofre, H. G. & Rocha, J. F. (2023). Genomic variability and population structure of six Colombian cattle breeds. Tropical Animal Health and Production, 55(3), 185. https://doi.org/10.1007/s11250-023-03574-8

McIntosh, M., Gonzalez, A., Cibils, A., Estell, R., Nyamuryekung’e, S., & Spiegal, S. (2020). PSVII-1 A preliminary phenotypic characterization of Raramuri Criollo cattle. Journal of Animal Science, 98(Suppl. 4), 307-307. https://doi.org/10.1093/jas/skaa278.548

Núñez-Domínguez, R., Ramírez-Valverde, R., Saavedra-Jiménez, L., & García-Muñiz, J. (2016). La adaptabilidad de los recursos zoogenéticos Criollos, base para enfrentar los desafíos de la producción animal. Archivos de Zootecnia, 65(251), 461-468. https://www.uco.es/ucopress/az/index.php/az/article/view/717

Ocampo Gallego, R., Ramírez Toro, J., Lopera Peña, J., Restrepo Castañeda, G., & Gallego Gil, J. (2020). Genetic diversity assessed by pedigree analysis in the Blanco Orejinegro (BON) cattle breed population from the Colombian germplasm bank. Chilean Journal of Agricultural & Animal Sciences, 36(1), 69-77. http://dx.doi.org/10.29393/chjaas36-4d30004

Parra, C. R. I., Martínez, C. G., & Valderrama-Rodas, M. (2021). Situación actual y perspectivas de la ganadería de bovinos criollos en América Latina. Archivos Latinoamericanos de Producción Animal, 29(3-4), 79-90. https://doi.org/10.53588/alpa.293401

Pembleton, L. W., Cogan, N. O., & Forster, J. W. (2013). St AMPP: An R package for calculation of genetic differentiation and structure of mixed‐ploidy level populations. Molecular Ecology Resources, 13(5), 946-952. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12129

Perezgrovaz-Garza, R. (2017). Las razas locales de bovinos criollos en la región Altos tzotzil-tzeltal de Chiapas. En Catálogo ilustrado de los bovinos criollos de México: razas locales y sistemas empíricos de manejo. Universidad Autónoma de Chiapas. Colección Boca de Monte XV. https://www.researchgate.net/publication/325369783_Catalogo_Ilustrado_de_los_Bovinos_Criollos_de_Mexico_Razas_locales_y_sistemas_empiricos_de_cria

Quiroz, J. (2007). Caracterización genética de los bovinos criollos mexicanos y su relación con otras poblaciones bovinas [Tesis Doctoral, Universidad de Córdoba]. https://www.uco.es/conbiand/tesis/Jorge_Quiroz.pdf

R Core Team (2013) R: A language and environment for statistical computing. https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/fullrefman.pdf

Saitou, N., & Nei, M. (1987). The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution, 4(4), 406-425. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040454

Severino, L. V. H., Perezgrovas Garza, R. A., Ahuja Aguirre, C., Montiel Palacios, F., Peralta Torres, J. A., & Segura Correa, J. C. (2021). Caracterización socioeconómica y tecnológica de los sistemas productivos con bovinos criollos en Campeche, México. Acta Universitaria, 31. https://doi.org/10.15174/au.2021.3102

Tewolde, A. (1997). Los Criollos bovinos y los sistemas de producción animal en los trópicos de América Latina. Archivos Latinoamericanos de Producción Animal, 5(4). https://revista.alpaenlinea.org/index.php/alpa/article/view/219

Vera, A., Hernández, A., Espinoza, G., Ortega, R., Díaz, A., Román, P., Nuñez, H. G., Medina, C.M., Ruiz, L. (2009). Producción de leche de bovino en el sistema familiar. Libro técnico. 1a ed. México, INIFAP CIRGOC. https://redgatro.fmvz.unam.mx/assets/leche_sistemafamiliar.pdf

Ward, J. A., Ng'ang'a, S. I., Randhawa, I. A., McHugo, G. P., O'Grady, J. F., Flórez, J. M., John A Browne, J. A., Pérez, O. A. M., Landaeta-Hernández, A. J., Garcia, J. F., Sonstegard, T. S., Frantz, L. A. F., Salter-Townshend, M., & MacHugh, D. E. (2024). Genomic insights into the population history and adaptive traits of Latin American Criollo cattle. Royal Society Open Science, 11(3), 231388.

Wright, S. (1943). An analysis of local variability of flower color in Linanthus parryae. Genetics, 28(2), 139. https://doi.org/10.1093/genetics/28.2.139

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